W Just Cause wcielamy się w amerykańskiego agenta CIA, niejakiego Rico Rodrigueza. Tajniak ten zostaje wysłany na jedną z wysp archipelagu San Esperito. Po przybyciu na miejsce i spotkaniu z informatorem Rico dowiaduje się, co go czeka. Jego zadaniem jest obalenie rządów Salvadora Montalbany - dyktatora, który zbiera na swoich wyspach broń masowego rażenia. Co gorsza, jest on wspierany przez potężny gang narkotykowy Rioja, a miejsce składowania ładunków jest nieznane, podobnie jak cel tego przedsięwzięcia.